Что такое месть? Желание восстановить справедливость? Способ существования? Цель жизни? Простое желание убивать? Никто не знает точный ответ на этот вопрос. У каждого мстителя свои мотивы. Иногда они оправданы, иногда ложны. Есть только одна простая истина, которая прослеживается в изучении «мсти» - это путь в никуда, и ни к чему хорошему месть не приведет. Только породит новое желание убивать. Это ли правильный выход из ситуации? Нет! Или да?..

В мире шиноби все строится на схожих понятиях.
Саске Учиха посвятил всю свою жизнь мести старшему брату. Вместо того чтобы действительно возродить свой клан, он становится убийцей и преступником мирового масштаба.
Данзо строит заговоры против правительства Конохи, вместо того чтобы вместе с ними действовать на благо своей родины.
Мадара готовит мир к войне, чтобы отомстить Селению Скрытого Листа за непонимание.
Орочимару готов пойти на все, чтобы убить своих бывших односельчан.
Примеров можно привести множество, но факт остается фактом. Мир шиноби жесток, месть порождает новую жажду убивать и тысячи людей гибнут в бессмысленной войне. И никто не сможет этого изменить.

Сюжет игры разворачивается в начале второго сезона, когда Наруто Узумаки только возвращается в Коноху. В сюжете игры есть несколько основных деталей, которые отличаются от канона. Саске Учиха не убивает Орочимару, но сбегает, прихватив с собой Дзюго, Суйгетсу и Карин.
«Акатсуки» только начинают свою охоту на джинджируки, и кто знает, как именно она будет разворачиваться, к которым присоединяется Тоби, у которого свои собственные планы.
В Селении Скрытого Листа ниндзя по имени Сай, следуя приказу Данзо, присоединяется к команде номер 7 и понемногу налаживает свои отношения с другими жителями Конохи.
В Песке не все рады тому, что джинджируки однохвостого стал новым Кадзекаге. Есть такие лица, которые готовы сами занять места в правительстве Страны Ветра, и они не заинтересованы в союзе с Страной Огня.
Селение Скрытого Тумана теряет свою власть в мире, они решают исправить эту ситуацию, а вместе с этим начать новый этап в Селении Кровавого Тумана. Некоторые должностные лица вполне серьезно рассматривают перспективы присоединиться к Орочимару.
Страна Молний и Страна Земли также хотят повысить свой потенциал, и объединится, но ни одна из сторон не хочет жертвовать своими интересами.
Кто знает, возможно, новая Мировая Война Шиноби начнется раньше, чем это может показаться,  а значит скорее всего не будет никакого Альянса 5 Стран.